东平市的天空终于放晴。 随着陈胜龙被抓、禹天成被擒、江旭东落马，盘踞这座城市多年的黑恶势力与保护伞系统彻底瓦解。洪亮大义灭亲，将老丈人江旭东和小舅子江远送上审判台；郑雅萍因办下大案获得升职；而万海，这个案件的核心人物，却倒在了黎明前的黑暗中。
万潮和万宏被陈胜龙手下抓走后，命运悬于一线。 令人意外的是，陈胜龙并没有对他们下杀手，这其中的关键人物竟是江远。江远与禹天成的关系复杂微妙——十五年前，禹天成为了拿下大成矿业，设计圈套让江远陷入犯罪边缘，再由陈胜龙顶罪入狱。 这段往事成为两人互相利用又互相猜忌的基础。
江远的出现让陈胜龙感到强烈危机。 他担心禹天成更看重江远及其背后江旭东的势力。当陈胜龙因制造矿难引发省专案组调查后，他绑架万潮却留其性命，目的是为自己留后路。陈胜龙告诉万潮十三年前枪击案的真相，指出禹天成才是真正敌人，意图转移万潮的报复目标。对陈胜龙而言，保留万潮性命既多了一个对付禹天成的帮手，也能通过控制万潮来牵制万海。
然而，当万潮被专案组成功解救，万海却在监狱中遭遇不测。 尽管万海察觉到异常并坚持要书面汇报材料，监狱的王主任在陈胜龙指使下伪造了万海因心脏病去世的假象。颇具讽刺意味的是，万海早就提醒过郑雅萍监控有问题，专案组却未采取有效保护措施，最终导致万海在准备说出真相时被害。
洪亮在专案组的工作充满挑战。 他先是遭遇村长儿子和星子的陷害，被污蔑与江远串通一气。随后，专案组从监控中发现王大有（化名熊磊）的身影，洪亮面临是否坦白自己十三年前办错案的选择。更大的难题接踵而至。 王彧被害前告诉李人骏，陈胜龙背后的人是禹天成，而江远正与禹天成合作。
这一信息让洪亮陷入极度困境——作为江旭东的女婿，他是否应该继续追查下去？ 当李人骏坦白所知真相后，洪亮再也无法欺骗自己。这一决定导致他被暂停专案组工作，撤销副组长职务，等待进一步调查处理。 对于一个曾经依靠岳父关系从市里调到省里的人来说，这一选择付出的代价不可谓不沉重。
与洪亮不同，郑雅萍的性格黑白分明，从不迂回妥协。 正是这种坚定的正义感，使张文菁在万潮求助时，将郑雅萍的联系方式给了他。郑雅萍坚信法律公正，即使明知东平水很深也要坚持蹚一趟。她说服张文菁出狱后即便面临威胁，仍愿意协助调查。
在郑雅萍的领导下，专案组成功推翻万海案，抓捕程子健等人，并将案件扩大到乔振兴案和矿难案。她的出色工作最终获得认可，因办下大案要案而获得升职。在给母亲过完生日后，谢鸿飞表示要“立功”，并提议与洪亮单独谈话。 然而谁也没料到，他竟在谈话中突然推开洪亮，转身跳下悬崖。
令人意难平的是王华山的外逃。 作为江旭东的亲信，王华山在关键时刻指使小护士换掉万海的药物，导致万海被害，自己却成功逃离法网。在众人关注郑雅萍升职的同时，另一个角色许言午的表现同样值得玩味。专案组到来前，他已与兰景茗建立联系；专案组到来后，他提醒洪亮东平官场的复杂性。
最终，许言午成功抓获陈胜龙和王大有，拿到关键证据，交出了令人满意的答卷。 与付出沉重代价的洪亮相比，许言午既示好了兰景茗，又可能攀上严立诚这棵大树。兰景茗仅受留党察看处分，李人骏被调离司法系统，柳韵只是降为科员，这些处理被观众认为过于轻微。与此形成鲜明对比的是，江旭东被判入狱10年，孙飞获无期徒刑，而禹天成和陈胜龙一伙更是被判处死刑。
在《以法之名》的大结局中，黑恶势力被清除，保护伞被打破，但每个人物为此付出的代价各不相同。 有些人赢得了职位晋升，有些人赢得了内心平静，而有些人，则永远失去了看清真相的机会。